１９９０年７月２０日発売
１９９９年、世界は安定化の時代を迎えようとしていた。
４年前のアウターヘブン蜂起での「核の脅威」はもはや過去の産物になろうとしていた。
しかし、平和を好まない者達もいた。
ソ連、中国に隣接する小国「ザンジバーランド」
そこに軍事政権が樹立。世界中の廃棄用核兵器貯蔵所を襲撃し、核武装を遂げ隣国に対し無差別侵攻を始める。
そして世界は予想以上に遥かに早く石油資源がそこを尽き始め、深刻なエネルギー不足の危機に直面していた。
そんな中チェコの生物学者「マルフ博士」は高純度の石油を精製することの出来る微生物「OILIX」を発明することに成功。
このOILIXに目をつけたザンジバーランドは渡米途中のマルフ博士を拉致。核兵器とOILIXを武器に軍事的優位に立とうとしている。
マルフ博士を救出し、世界を核の脅威から救うため再びソリッド・スネークに任務が下った。
スネークはアウターヘブン崩壊後にFOXHOUNDを除隊。隠居生活を送っていたが、FOXHOUND司令官「ロイ・キャンベル」の要請で連れ戻された。
スネークはザンジバーランドに潜入。
ロイ・キャンベルが無線でのサポートにあたる。
任務を開始し内部へ潜入すると何者かから無線連絡が入った。
声の主は「ホーリー・ホワイト」フリーの国際ジャーナリスト。
騒乱の１ヶ月前からザンジバーランドに潜入していたらしい。
彼女はスネークの任務に協力してくれるようだ。
スネークはマルフ博士が監禁されていると思わしき小屋を発見した。そして中で何者かが壁を叩いている。
それは暗号、無線の周波数だった。
スネークはその周波数に連絡を入れた。
「マルフ博士か？」
スネークの問いかけに無線の向こうから答えが返ってくる。
「スネーク、久しぶりだな。」
囚われているのはアウターヘブンで出会ったマッドナー博士だった。
マルフ博士は違う場所へ移され、マッドナー博士はここでメタルギアの開発をさせられているという。
「ここまで言えば黒幕が誰かわかるだろう？」
黒幕はビッグボスだ…。スネークはすぐに気づいた。
博士によるとビッグボスはメタルギアとOILIXで世界を握ろうとしているという。
そしてマルフ博士は心臓が悪く、いつまで拷問に耐えられるかわからないらしい。
スネークは急ぎマルフ博士の救出へ向かった。
マルフ博士に同行していた「グスタヴァ・ヘフナー(MSX版ではナターシャ・マルコヴァ)」に連絡を取り、マルフ博士の居場所が判明。
スネークはグスタヴァ、マッドナー博士と共に収容所へ向かった。
途中３人はつり橋にたどり着く。橋は狭く、不安定だ。一人ずつ渡るしかない。
まずはマッドナーが先に渡る。
マッドナーが渡り終えた後グスタヴァが渡ろうとした瞬間。橋がミサイル攻撃を受けた。
橋は破壊され、グスタヴァは爆風により吹き飛んだ。
そばに駆け寄ったスネークに彼女はカードキーとブローチを手渡し息絶えた。
橋を渡った先にいるマッドナーは連れ去られ、目の前に鋼鉄の巨体が現れた。
メタルギアだった。
中にいる何者かが声をかけてくる
「スネーク！俺だ。グレイ・フォックスだ！」
アウターヘブンで共に戦った戦友。フォックスがビッグボスについていた。
「昔のよしみだ。ここは見逃してもいい。ここから立ち去れ！いいか、今すぐに…国へ帰れ！」
そう告げるとマッドナーを連れてフォックスは姿を消した。
スネークはホーリーの助言でハングライダーを入手。ビルの上から飛び立ち壊されたつり橋の上を通過した。
スネークはマルフ博士の囚われている部屋へ到着。
中に入るとそこにはマルフ博士の遺体とマッドナーの姿があった。
「手遅れじゃ。たった今息を引き取ったよ…心臓がもたなかったんじゃ。」
スネークはマルフ博士の遺体の首筋に真新しいアザがあるのを発見する。
マッドナーによるとマルフ博士は用心深く、OILIXの設計図をゲームカートリッジの基盤にマイクロフィルムとして保存してあるらしい。
すると突然ホーリーから無線連絡が入る。
彼女はマッドナーのことを調べたようだ。
マッドナーはOILIXを手に入れるためマルフ博士に近づいた。そしてマルフ博士の渡米スケジュールを流し、誘拐させた。
ホーリーがそこまで続けるとマッドナーが口を開いた。
「わしはメタルギアを完成させたかったんじゃ！」
そして彼はマルフ博士をOILIXの設計図を渡さなかったため殺害したこと。さらにフォックスに連絡を取り橋を攻撃させたことも話した。
グスタヴァがスネークに渡したブローチはOILIXの設計図の入っているロッカーの鍵であるということも話した。
「その鍵を渡せ！！」
マッドナーはスネークに飛び掛ってきた。
スネークはマッドナーを一蹴。設計図のマイクロフィルムを回収した。
「スネーク…。奴がこのままお前を見逃すわけはない。きっとメタルギアを使うはずじゃ。」
マッドナーはスネークにメタルギアの破壊方法を教えた。
すると突然スネークの足元に穴が開き、地下へ滑り落ちてしまった。
「スネーク！メタルギアに破壊方法なんぞない！老いぼれの独りよがりだ！」
フォックスの声がした。
声がする方へ進んでいくとメタルギアの姿があった。
スネークは再びメタルギアと対峙。破壊に成功する。
爆風に襲われスネークの装備に火が移ってしまう。
慌てるスネークを尻目にフォックスはマイクロフィルムの入ったカートリッジを奪い走り去る。
スネークは装備をすべて捨ててフォックスの後を追った。
フォックスは地雷原の中に立っていた。
スネークとフォックスは地雷原の中で殴り合いを始める。
最後に立っていたのはスネークだった。
「フォックスの称号を譲るときがきたようだな…。」
フォックスは自らのことを語り始めた。
スネークにとってビッグボスは単なる上官に過ぎない。しかし、フォックスは二度にわたりビッグボスに命を救われている。
ベトナムでの白人との間に生まれた二世だった。
そんな二世達は終戦後も迫害を受け強制労働を強いられた。その地獄から救ってくれたのがビッグボスだった。
２度目はモザンビーク。レモナ兵として拷問されていたところを助けられた。
フォックスは戦争が憎かった。しかしフォックスには戦争が必要だ。戦争屋には戦場は必要なのだ。
その戦場を与えてくれるのがビッグボスだった。彼もまた戦場が必要な身なのだろう。
フォックスは１０年前ハンターと呼ばれていた。
そして東側の女性と関係を持ち、彼女を西側へ亡命させようとしたが失敗。
彼女の名前はグスタヴァ・ヘフナー。
スネークはすべて聞き終えると
「フォックス。安心しろ。俺はお前のようにはならない。一人じゃないぜ。向こうでグスタヴァが待ってる。」
と告げた。
フォックスは「ありがとう。」と言い残し息絶えた。
カートリッジを取り戻し。
先へ進むとビッグボスが待ち構えていた。
「ようこそ。ザンジバーランドへ。」
ビッグボスの身体はサイボーグ化していた。
「３年間とりついている悪夢を払いにきた！！」
スネークは叫んだ。
ビッグボスは笑みを浮かべながら口を開く
「スネーク、一度戦場での快感を覚えたものは一生戦場に身を置くことになる。お前達の欲求を満たすものは権力でも、金でも、ＳＥＸでもない。ただ一つ…戦争だ!!」
ビッグボスは続ける
「お前はここに住む子供達を見ただろう？戦争の犠牲者たち。そして次の戦争を担う戦士達。戦争を誘発させ、支援し、犠牲者を生む。そして救護、訓練して再び戦争が起こる。実に合理的なシステムだ。この世から戦争がなくなる日はない。お前も私も戦場でのたれ死ぬまでここに残るしかないのだ。」
スネークはビッグボスを睨み付けながら言った
「貴様から自由になるために、悪夢を払うために、貴様を倒す!!」
「スネーク、どちらが勝っても我々の戦いは終わらない。敗者は戦場から解放されるが、勝者は戦場へ残る。そして生き残ったものは死ぬまで戦士として人生を全うするのだ!!」
「例外もある、俺は人生を愛している。」
「わかった。貴様を苦悩から解放してやろう。楽にしてやる。」
「もうあんたの世話にはならん！！」
「その身体で、武器もなしにこの私に？勝算があると思うか？」
「最後まで決して諦めない。いかなる窮地でも成功をイメージする。…あんたから教わった言葉だ。」
「私も時には誤りを起こす。スネーク、今度こそ最後の戦いだ！こい！！」
スネークとビッグボスの戦いが始まった。
スネークはラッカースプレーとライターを組み合わせ即席の火炎放射機を作り出し、ビッグボスを焼き払った。
「スネーク!まだだ…スネー…ク…。」
ビッグボスは死亡した。
スネークはホーリーと合流。
要請したヘリで二人はザンジバーランドを脱出した。
METAL GEAR 2 SOLID SNAKE -END-
